母への思いを胸に戦い続ける佐助は、激しい戦いの末、大勢の仲間の死を目の当たりにし、命からがら仲間の元へと戻って行った。そんな佐助の長は、人を食らうといわれる鬼婆ぁの退治を命じる。佐助は鬼婆ぁを倒す事が出来るのか？そして、佐助は、再び母と出会える日が来るのだろうか・・・？

忍者であることをひたすら隠し仮の姿でとある農家にやっかいになっている「GOEMON」たち、平和な日々を楽しんでいたが、ある事件をきっかけに仲間と約束した「「正義の血」がめざめ、許せぬ悪とやはり戦う運命に。アクション、殺陣、ダンス、そして「笑い」もたっぷりの作品は誰が見ても楽しめ泣ける最高傑作！

現代の日本に忍者の血を引くもの達がいた・・・
その中で二つの組織「シャドウハーツ」と「ゴーガ族」が存在する。正義のために戦う五人組「シャドウハーツ」。そして己のため、自分の強さだけを求める悪の組織「ゴーガ族」二つの組織が、今それぞれの思いを抱いてこの現代で戦っていた。そして、「火富赤矢」、「水城強」の隠された過去とは・・・。